Мечеть начала строиться в 1768 году на средства купца Якуба бин Султангалия на основании личного письменного распоряжения царицы Екатерины II. Свое название мечеть получила по имени купцов Апанаевых, проживавших в махалле и содержавших ее.
После Октябрьской революции мечеть была закрыта, здание использовалось под различные государственные нужды. За долгие годы эксплуатации не по назначению храм был искажен до неузнаваемости и пришел в ветхое состояние, были разрушены минарет и михраб.
Постановлением Кабинета Министров от 18 сентября 1995 года мечеть была передана мусульманской религиозной общине. В этом же году произведен косметический ремонт и в здании мечети начались богослужения, а также разместился факультет КВММ «Мухаммадия». Мечеть действовала до 2003 года, когда она была закрыта на реставрационно-восстановительные работы. В связи с тем, что этот культовый объект является историческим и культурным памятником федерального значения, он был включен в различные государственные программы по сохранению исторического наследия, после чего началась работа по возрождению храма, считающегося архитектурной жемчужиной татарского народа. Апанаевская мечеть была включена в список памятников, подлежащих финансированию из федерального бюджета. К настоящему времени реставрационные работы в мечети завершены.
Церемония открытия началась с прочтения священных сур Корана. После чего перед собравшимися выступил имам-хатыб Апанаевской мечети Валиулла хазрат Якупов. Он поблагодарил всех за помощь в организации работ и отметил, что работы по реставрации велись при поддержке руководства республики и города, средства выделялись и из федерального центра. Свою помощь оказали и граждане, имена которых были внесены в книгу, которая была специально издана с тем, чтобы сохранить их имена в истории.
«Открытие после реставрации одной из одной из ранних каменных мусульманских построек — событие радостное для мусульманского 
сообщества», — подчеркнул муфтий РТ, председатель ДУМ Татарстана Илдус хазрат Файзов.
В церемонии открытия также принял участие президент Татарстана Рустам Минниханов, который подарил мечети священный Коран и поблагодарил всех тех, кто оказал помощь в реставрационных работах, и благодаря кому Апанаевская мечеть открылась после реставрации.
Рустам Минниханов:
— Такие исторические мечети как Апанаевская украшают наш Татарстан. Здесь собираются наши верующие, приходят посмотреть на них гости столицы РТ. Такие мечети в республике должны быть, здесь должна кипеть жизнь. Мы сегодня с вами разделяем радость в связи с открытием мечети.
С сегодняшнего дня мечеть распахнет двери для верующих, и сегодня здесь состоится первый за долгие годы пятничный намаз.
ИА «Татар-информ»
Фото и видео пресс-службы президента РТ
