Доктор политических наук (2001), профессор (2006).

Член-корреспондент Академии наук Республики Татарстан. Директор Центра исламоведческих исследований при Академии наук РТ. Ректор Российского исламского университета. Заведующий отделом общественной мысли и исламоведения Института Истории Академии наук Республики Татарстан.

Автор около 120 научных трудов, включая 6 монографий общим объемом более 100 п.л.

Под руководством Р.М. Мухаметшина подготовлено более десятка докторов и кандидатов наук. Он является автором нескольких монографий, в том числе ставших фундаментальными «Татары и ислам в XX веке» (Казань, 2003) и «Ислам в общественной и политической жизни татар и Татарстана» (Казань, 2005). Р.М. Мухаметшин является членом авторских коллективов в целом ряде международных изданий. В 1997 г. под его редакцией вышел сборник «L`islam de Russie» (Paris, 1997), в 2002 году Р.М. Мухаметшин участвовал в написании монографии «Islam in Post-Soviet Russia. Public and private faces» (London and New York).

Мухаметшин член двух докторских диссертационных Советов по истории, политологии и социологии. Член Экспертного Совета при Совете по делам религий при Кабинете Министров Республики Татарстан.

Лауреат Государственной премии Республики Татарстан в области науки и техники (2005).