Одним из первых заказчиков ИТ-университета «Иннополис» стало министерство обороны РФ: главное управление научно-исследовательской деятельности ведомства направило в университет запрос на создание аналога американского центра CERT по быстрому реагированию на компьютерные опасности. Кроме того, составлен запрос на создание распределенного децентрализованного хранилища данных с регулируемой избыточностью и гарантированным уровнем безопасности.

Соглашения о подготовке кадров и выполнении исследований университет заключил также с NVision Group, Mail.ru и концерном «Радиотехнические и информационные системы».

Согласно отчету университета «Иннополис» за 2013 год, на создание инфраструктуры потрачено 4,7 млрд рублей бюджетных средств. Спонсоры выделили на финансирование операционной деятельности учреждения 462,6 млн рублей.

Инвесторами и партнерами «Иннополиса» также стал «Мегафон», «Инвестнефтехим», «Ай Си Эл-КПО ВС «, «Инфомат», «Корпоративные информационные рутины» (КИР).