Выиграв групповой турнир предварительного раунда, «Синтез» потерпел на турнире лишь одно поражение — по пенальти на стадии ½ финала от волгоградского «Лукойла-Спартака». По мнению главного тренера Владимира Захарова, в спортивную битву, которая стала решающей для нашей команды, вмешалась необъективность рефери:
— Полуфинальный поединок складывалась очень нервно, очень напряженно. Во многом «благодаря» необъективному судейству такого опытного арбитра как Александр Галкин из Москвы. Честь и хвала нашим игрокам за то, что они нашли в себе силы и характер переломить ход игры и выиграли заключительный отрезок со счетом 6:0, завершив основное время матча вничью — 10:10. В овертайме выявить сильнейшего также не удалось — 11:11. Наша команда не заработала ни одного удаления, а волгоградцы получили дважды возможность реализовать лишнего. К тому же, соперник постоянно получал от арбитров встречи «переходы мяча», соотношение которых к концу второго дополнительного отрезка составило 5:1 в пользу волгоградской команды. В серии пенальти соперник оказался более удачливым. Наш вратарь Дмитрий Дудкин отразил 2 из 5 пенальти, а игроки настолько выложились в игре, что у них не хватило сил и эмоций точно пробить пенальти — забили 2 из 5.
По словам наставника, команда сильно переживала поражение, которое фактически поставило крест на перспективах оставить Кубок в Казани.

Владимир Захаров:

—  Успешным наше выступление назвать нельзя, так как третье место не идет ни в какое сравнение после нашей прошлогодней победой. Но ребята проявили себя настоящими бойцами и своей игрой показали, что у них есть хорошие перспективы. В отдельных эпизодах мы демонстрировали интересную, мастеровитую и высококлассную игру. Сыгрываться нам предстоит по ходу сезона. В полном составе «Синтез» собрался всего за несколько дней до поездки на Кубок России. В этом плане более предпочтительно выглядела и команды «Штурм-2002» и волгоградский «Лукойл», состав которого стабилен на протяжении 5 последних сезонов. Кстати команда из Волгограда выглядела на данном этапе сильнее прочих: по степени подготовленности. Впрочем, выиграть Кубок мог любой из четырех коллективов, игравших в полуфинале. Матчи в Чехове показали, что нас ожидает увлекательнейший регулярный сезон, каждая победа в котором будет цениться на вес золота. Хотелось бы, чтобы борьба в таких условиях проходила честно и при объективном судействе.

Все матчи «Синтеза» в Кубке России-2006

Групповой этап:

«Синтез» — «Штурм-2002-Юниор» (г. Чехов) 21−5 (5−1, 5−1, 6−1, 5−2)
«Синтез» — «Динамо» (г.Москва) 12:9 (1:2, 3:2, 4:3, 4:2)
«СИнтез» — ЦСК ВМФ (г. Москва) 17:2 (5:1, 3:0, 4:0, 5:1)

Полуфинал: «Синтез» — «Лукойл-Спартак» (г. Волгоград) 13:14 (2:00, 1:3, 3:6, 6:0, овертайм-1:1, пенальти 2:3)

Финал за 3-е место: «Синтез» — «Динамо» (г. Москва) 8:12 (1:1, 4:5, 3:2, 0:4)
Финал за 1 место: «Лукойл-Спартак» (г. Волгоград) — «Штурм-2002» (г. Чехов) 10:11

Турнирная таблица Кубка России-2006: 1. «Штурм-2002» (г. Чехов), 2. «Лукойл-Спартак» (г. Волгоград), 3. «Синтез» (г. Казань) 4. «Динамо» (г.Москва), 5. ЦСК ВМФ (г. Москва), 6. «Штурм-2002-Юниор» (г. Чехов), 7. «Маяк» (г. Москва), 8. «Химик» (г. Казань)

Лучший бомбардир «Синтеза»: Данило Икодинович — 14 голов+5 передач