В заключении отмечается, что ряд положений проекта федерального закона не соответствует нормативным правовым актам, регулирующим деятельность Российской академии наук (РАН) и отраслевых академий. Так, предложение наделить правительство России правом утверждать устав РАН противоречит гражданскому законодательству, которое наделяет правительство правом утверждать устав только учредителя юридического лица, которым по отношению к РАН оно не является. Предложенное законопроектом ограничение прав собственности РАН на имеющееся имущество в целях повышения эффективности его управления не сможет решить проблему, поскольку в настоящее время отсутствует эффективный механизм по управлению федеральной государственной собственностью в целом. Повышение эффективности управления и использования имущества РАН целесообразнее решать в рамках уже существующей системы управления федеральной собственностью, а не создавать новый механизм управления. По мнению Счетной палаты, РАН нуждается не в государственном управлении, а в государственной поддержке, которая выражается, прежде всего, в полноценном бюджетном финансировании и организационно-правовой независимости, сохранение которой будет способствовать повышению интеллектуального потенциала науки с тем, чтобы она адекватно и своевременно отвечала потребностям общества и государства (Финмаркет).